滿清年間，朝廷視少林寺為心腹大患，派副總管高飛揚率軍剿滅。身為前少林大師兄的高飛揚表面投效清廷，實則借押解勞役之機暗中培養弟子體魄與武藝。少林眾徒在長期壓迫下漸生疑竇，最終集體逃離并策劃反抗。行動中高飛揚為掩護弟子刺殺皇帝而暴露身份，遭清軍圍剿身亡。至死無人知曉其忍辱負重的真實意圖，昔日同門更以叛徒視之。多年后幸存弟子方悟其苦心，誓將少林精神傳承不滅。