大宋淳祐七年欽州靈龍鎮頻現災患，民間流傳需向鎖龍井投獻童男童女祭祀蛟龍的惡俗。新科進士莊嚴任主簿后執意調查，因觸犯地方勢力被誣陷入獄。靈龍縣仵作小宛為營救心上人，遠赴千里懇請退隱的宋慈出山。宋慈與小宛通過科學驗尸揭開"蛟龍食童"真相，成功解救被困幼童并平反莊嚴冤案。在眾人見證下小宛正式拜入宋慈門下習學驗尸斷獄之術。案件雖告終結，但隨著關鍵證人的離奇暴斃，宋慈逐漸察覺幕后黑手仍在暗中操控全局，靈龍鎮表面平靜下仍潛藏著更深的陰謀。