《云雀行動(dòng)》以反對(duì)臺(tái)獨(dú)為背景，講述國(guó)際分裂組織"鐵血同盟會(huì)"頭目李肖策劃暴力暗殺案的陰謀。李肖潛入大陸，企圖利用航模飛機(jī)爆炸破壞某國(guó)訪華代表團(tuán)行程，并策反導(dǎo)彈部隊(duì)指揮官洪越制造軍事沖突。前國(guó)民黨軍情局長(zhǎng)周天刃因反對(duì)臺(tái)獨(dú)，追蹤李肖行蹤并主動(dòng)進(jìn)入大陸。國(guó)家安全局成立專案組，在祝局長(zhǎng)指揮下，丁慨然、鐘曉雯等偵察員展開偵查。周天刃雖背負(fù)歷史血債，但多次干擾李肖行動(dòng)，導(dǎo)致師徒反目。偵察員通過復(fù)制電腦文件、策反洪越等手段獲取關(guān)鍵情報(bào)，期間周天刃與李肖在康復(fù)中心工地激烈對(duì)抗，最終被解救。黃凱因貪腐被脅迫盜取軍情，成為案件重要突破口。李肖在銀河牛場(chǎng)襲擊計(jì)劃失敗后劫持人質(zhì)，丁慨然孤身談判時(shí)，林光在牛場(chǎng)及時(shí)制止?jié)摲肿有袆?dòng)。最終李肖自殺身亡，周天刃與大陸安全部門完成合作使命，案件得以終結(jié)。