《仙巖女高偵探團》講述五名個性迥異的女高中生組成"Mystery偵探團"，通過調查校園內未解決事件揭開真相的故事。性格率真的班長金惠允、擅長黑客技術的李多真、精通格斗術的陳智熙、擁有敏銳觀察力的千素賢，以及看似平凡卻總能發現關鍵線索的劉善高中，在解決同窗求助的過程中逐步破解教室失蹤案、舊校舍靈異事件等懸疑案件。五人通過縝密推理揭露了教師辦公室的機密檔案、體育館翻新工程中的腐敗線索，并意外發現二十年前該校發生的相似案件關聯。隨著調查深入，偵探團成員們直面校園暴力、升學壓力等現實問題，在破解謎題的同時完成自我成長。